對生態旅游的過度開發是處理旅游業經濟效益于資源保護關系時經常出現的問題。要使生態旅游規劃設計真正符合生態旅游的目標，實現旅游業的可持續發展，應遵循以下原則：
（1）協調與可持續發展原則,生態旅游規劃應該在可持續發展思想的指導下，協調好生態旅游業與該地區其他產業的關系，以及生態旅游業內部各個子系統之間的關系，協調好生態旅游建設項目和服務設施與生態旅游資源的關系。
（2）保護優先與穩步發展的原則，生態旅游開發必須以保護為前提，這是生態旅游區別于大眾旅游的核心所在。生態旅游資源的保護與生態旅游的發展相輔相成，要遵循保護優先，穩步發展的原則。
（3）生態與文化真實性的原則，生態旅游規劃設計要盡量保持生態旅游資源的原始性和真實性。不僅要保護自然的原始韻味，而且要注意對當地傳統文化的傳承與保護，避免旅游帶來的文化沖突和文化污染。在生態旅游項目和產品規劃設計上應該體現原汁原味，避免與生態旅游方向不一致的旅游活動，要盡量減少人造景觀，對于必要的設施和景觀建設必須做到與環境相和諧。
（4）多方參與和利益共享原則，在生態旅游規劃設計過程中，普遍征求利益相關者的意見，使他們真正參與到規劃中來，并接受他們的合理建議。只有實現多方參與和利益共享才能使生態旅游災在取得良好經濟效益和社會效益的同時獲得各方滿意的經濟效益。
（5）資源節約與清潔生產原則，節約資源是實現資源保護的有效途徑之一，在生態旅游項目與相關設施的規劃設計上，盡可能實現“最小化”原則，能源和材料消耗、投資和服務設施建設都體現資源節約和再循環的原則，以求對資源和環境的破壞降到最低程度，盡可能的多使用清潔能源，充分利用高科技手段有效保護旅游區生態環境，實現資源節約與清潔生產。
（6）環境教育與科學教育原則，科學教育與環境教育二者相輔相成，共同發揮著通過生態旅游活動提高全民族科學素養和生態環境保護意識的重任，以實現保護生態旅游資源及其依托的環境十分重要。
